Das historische Dorfzentrum besteht aus dem Oberdorf und dem etwa 300 Meter entfernten Unterdorf. Beide liegen auf einer Höhe von rund 405 Metern am Rande der flachen Ebene östlich der Reuss. Die westliche Gemeindegrenze folgt im Wesentlichen dem Fluss, ausser beim Zopfhau, wo sie quer über diese Halbinsel verläuft. Der Südwesthang des Mutschellen wurde in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts praktisch lückenlos mit Einfamilienhäusern überbaut. Aus diesem Grund ist Zufikon nicht nur mit Bremgarten zusammengewachsen, sondern auch mit Widen und Berikon. Nachbargemeinden sind Widen im Norden, Berikon im Osten, Oberwil-Lieli im Südosten, Unterlunkhofen im Süden und Bremgarten im Westen.